长期大量施用单质化肥，对资源、生态、环境、人体健康都带来了极为严重的影响。 
　　其一，化肥农药是造成土壤面源污染的元凶。据资料显示，每生产一吨化肥，要排放出2吨以上二氧化碳，而我国化肥年产量(纯氮)5000万吨以上，光是化肥的生产，每年要排放出的二氧化碳就达到亿万吨的量级。而另一方，化肥与农药的利用率却不到30%，长期大量使用单一化肥，使得土壤活性降低、板结酸化，成了阻碍农业持续增产、高产的绊脚石。 
　　其二，过量使用化肥农药对人体健康造成极大威胁。为了追求高产，人们对于化肥农药有着过度的依赖情结，致使亚硝酸盐及有害金属铅、砷、铬、汞、镉在土壤、农产品中大量残留、超标，不仅使得亚健康人群成倍增加，而且各种罕见的疾病也不断增多。
　　其三，过量生产化肥致使资源枯竭。就算不谈化肥带给土壤的面源污染以及带给人类的健康危害，目前摆在人们面前不可回避的问题是：生产化学氮素肥料的煤和石油是不可再生资源，同时生产磷肥和钾肥的矿产资源也一天天减少。
　　在国家十三五减肥减药的政策下，要想推动中国农业的可持续发展，在减少化肥投入量的同时，又达到高产、优质、高效、生态、安全的目的，惟一有效的途径，便是利用土壤中的有益微生物来改善作物根际微生态区系，将土壤中含量丰富的难溶性磷、钾及微量元素释放出来，或将农作物难以利用的物质转化为可被利用的有效营养物质，缓解肥料供需矛盾，消除对生态环境的不利影响。
　　综上，微生物肥料将是实现可持续发展农业的重大举措。不仅各种豆科作物、粮食作物、经济作物、蔬菜瓜果等都可以应用微生物肥料来提升产量、改善品质，同时，无污染的微生物肥料也是实现国家“一控两减三基本”的基本保证，成为了生产安全无公害农产品的一个全新发展趋势。